383 Hektar große Schutzzone, die 1984 als marines Naturschutzgebiet ausgewiesen wurde, erstreckt sich von den sichtbaren Felsbögen über versunkene Riffe bis in eine Tiefe von 480 Metern. Die Unterwassertopografie des Parks schafft nährstoffreiche Auftriebsgebiete, die 67 verzeichnete Korallenarten und mehr als 250 tropische Fischarten beherbergen, was ihn zum artenreichsten Schnorchelgebiet entlang der Küste von Jalisco macht.
Das geologische Drama über Wasser spiegelt die Komplexität darunter wider. Vulkangesteinssäulen bilden natürliche Tunnel und Höhlen, in denen sich die pazifischen Dünungen stauen und wieder lösen, was die hydraulischen Geräusche erzeugt, die den Bögen ihren Namen gaben. Während der Wintermonate ziehen Buckelwale während ihrer jährlichen Wanderung von Alaska zu den Brutlagunen weiter südlich in einem Abstand von 200 Metern an den Formationen vorbei. Die Lage des Parks am Zusammenfluss von warmen tropischen Strömungen und kühleren Auftrieben aus dem tiefen Banderas-Graben schafft thermische Schichten, in denen sich pelagische Arten wie Mantarochen, Gefleckte Adlerrochen und saisonale Schwärme von Gelbflossen-Thunfischen mit den ansässigen Riffpopulationen treffen.
Die 2019 eingeführten Schutzprotokolle beschränken den Zugang für motorisierte Wasserfahrzeuge auf ausgewiesene Korridore, um Bereiche zur Korallenregeneration zu bewahren, die in den vorangegangenen Jahrzehnten durch Ankerdrag beschädigt wurden. Die Eintrittsgebühr von 43 Pesos finanziert Riff-Monitoring-Stationen, die von Meeresbiologen der Universidad de Guadalajara betrieben werden, welche vierteljährliche Biodiversitätsuntersuchungen durchführen und die Erholungsraten in zuvor geschädigten Abschnitten verfolgen. Die Wassersichtbarkeit schwankt je nach Planktonblüte zwischen 12 und 30 Metern, wobei die klarsten Bedingungen zwischen November und Mai herrschen, wenn sich die Nordwinde legen und die Sedimentaufwirbelung abnimmt.
Das Schnorcheln ist ganzjährig möglich, obwohl die optimalen Bedingungen mit ruhigerem Meer in den Morgenstunden zusammenfallen, bevor die thermischen Nachmittagswinde zunehmen. Die Nähe des Meeresparks zur südlichen Hotelzone von Puerto Vallarta – etwa 12 Kilometer per Boot – macht ihn zum primären Unterwasserziel für Besucher, die Riff-Ökosysteme ohne Überquerung des offenen Ozeans suchen. Reiseveranstalter, die vom Los Muertos Pier und Boca de Tomatlán abfahren, planen in der Regel 90 Minuten für die Erkundung im Wasser an drei verschiedenen Riffstellen ein, die jeweils eigene geologische Merkmale und Artenkonzentrationen bieten.
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